由于步進電機的具體使用性能，會受到多種因素的影響，因此在電機的使用中，可能會出現故障問題。而且即使電機本身質量很好，也很暗淡做到零故障，尤其是在用戶使用有不當操作不注意保養時，更是容易出現一些故障問題。因此建議用戶對電機常見的一些故障問題要有充分的認識，如了解電機發生振動、轉向等故障的一般原因是什么，用什么方法可以解決這些故障？

步進電機發生振動故障的原因主要有三點：電機線接錯；信號電導通能力差；以及用于電機振動點的方法。針對上述三種故障原因，針對馬達線圈誤接而引起的振動，需檢查接線位置，重新接錯線圈即可。若低信號電壓導通能力弱引起電機振動，則需要提高信號導通能力。利用引起電機振動點振動的振動，需要調節，并錯開振動點頻率。

對于步進電動機轉向錯誤的故障，主要有兩個原因，一是電動機線接錯，二是電氣線路有斷線。對于電機線錯誤接錯這方面的故障原因，可通過在統一相位上任意交換電機線，如 A+和 A+交換，三相任意兩對換，觀察其作用，看是否能使轉確。電氣線路有短路引起裝箱錯誤，經檢查發現斷點，重新接對即。